Do primitivo mosteiro medieval só queda a igrexa, un interesante exemplo do románico tardío (S. XIII) que caracteriza gran parte da arte cisterciense da provincial.

Xunqueira, aínda que presenta os trazos de sinxeleza atribuídos á orde cisterciense, non responde exactamente ao chamado “Plan Bernardo”; Fronte á planta de cruz latina con cabeceiras cadradas, atopámonos cunha estrutura inspirada na tradición local que como Xunqueira de Ambía ou Santa Mariña de Augas Santas opta por planta basilical de tres naves rematadas en tres ábsidas semicirculares, o maior precedido por un tramo recto.

As pegadas do románico tardío, xa case gótico, déixanse ver tanto na arquitectura como na escultura dos seus capiteis: respecto a a arquitectura, apuntamento dos arcos ou bóveda ojival do presbítero; polo que se refire á escultura, a sinxeleza e o esquematismo, característicos do cister, presiden capiteis, altar e pila bautismal. Pero esta sinxeleza ornamental, en ocasións, desaparece, devolvendo ao espazo dos capiteis a súa función orixinal, contar historias.

Así pois, xunto aos capiteis vexetais, os mestres de Xunqueira sorpréndennos, tanto con iconografías características do románico (Leóns versus dragones, abubillas, dragones e sirenas paxaro descritos nos Bestiarios medievais) como con asombrosas e sorprendentes escenas de entre as que destaca o curioso capitel, posiblemente único no mundo das murallas do Xerusalén Celeste/Apocalíptico.

A chegada da Reforma e a adhesión á Orde de Castela (mediados do XVI) propicia a renovación, tanto das infraestruturas, moi arruinadas, como dos interiores que deben adaptarse a novas sensibilidades, externas, Tridentina e internas, as propias da Orde.

As capelas das ábsidas medievais cóbrense con retablos Modernos que resaltan as orixes do cister con novos programas iconográficos nos que, xunto coa preeminencia de María, búscase exaltar o monacato occidental.

O primeiro dos retablos sitúase na ábsida maior e ten no seu centro a fermosa talla manierista da Asunción-Coroación. Flanqueando a María, no corpo inferior, Adoración de pastores e Epifanía (primeira teofanía de Jesús encarnado); no corpo superior Presentación no templo e Circuncisión (aceptación da Lei mosaica). Coroa a rúa central a imaxe da Salvación coa escena do Calvario.

O conxunto completaríase coa Lactatio de San Bernardo. María dá o seu leite nutricia, protectora e sanadora ao Santo, que obtén desta lactación sacra os dons do coñecemento e a elocuencia. Esta talla, hoxe en proceso de restauración, retirouse no século XVIII para ser substituída polo actual Expositor da Custodia, hoxe ocupado pola imaxe de San Salvador neno, procedente da desaparecida igrexa do mesmo nome. 

A mediados do século XVI as estruturas habitacionales do medioevo están completamente arruinadas e a comunidade envórcase na construción e adecuación das novas instalacións á época ( Trento) e a Orde de Castela. Refaranse a Sancristía e o Claustro Regular ao mesmo tempo que se engade na cabeceira, a Chirola (especie de capela para reliquias), nos pés, o Coro Alto e en ángulo coa igrexa, Hospedería e Portería. Non sabemos quen está á fronte das obras do mosteiro pero pensamos que talvez Simón de Mosteiro realice as trazas que executará algún dos Sierra.

O claustro Regular, pola súa sinxeleza e elegancia, diferénciase de calquera outro claustro galego, trasladándoos á Toscana do Renacemento. Son as dovelas puídas dos arcos, medio punto e carpaneles, as que lle confiren ese aire austero e señorial que o fai único en Ribeira Sacra. Destaca nos antepechos o curioso sistema solar que en orixe comprendía catro reloxos: dous esféricos mirando ao mediodía e dúas verticais orientados, un ao nacente e outro ao poñente (hoxe desparecido). A natureza dos reloxos era regular o tempo dos monxes entre o traballo, a oración e a lectura.

O segundo grupo de retablos (S. XVII) sitúase na metade do templo. Á dereita María visitando á súa curmá Santa Isabel, ou a primeira manifestación do fillo de Deus (segundo San Lucas, ao escoitar Isabel o saúdo de María, o neno deu saltos no seu ventre e Isabel sentiu chea do Espírito Santo). Á esquerda a Transfiguración de Cristo que se eleva sobre os Apóstolos en compañía de Moisés e Elias.

Finalmente os retablos barrocos (S. XVIII) que vestirán as ábsidas menores buscando a exaltación do monacato occidental nos seus dous actores principais: S. Benito de Nursia (redactor da Regra que se impoñerá, a partir do século X, nos mosteiros occidentais) e S. Bernardo, reformador e piar do Cister. Actualmente os retablos están desprovistos das súas imaxes orixinais e para reconstruír o programa iconográfico Bernardo debemos dirixirnos ao retablo, tamén barroco, do muro norte. Nel atopámonos, no centro, a potente talla de S. Benito escoltado, á dereita, por Santa Escolástica, a súa irmá, e á esquerda Santa Humbelina, irmá de S. Bernardo. 

A Hospedería e a Portería serán as últimas obras importantes da Idade Moderna e deben iniciarse unha vez unha vez concluído o Claustro Regular, entre mediados do XVII e comezos do XVIII. O claustro da Portería ou Hospedería é unha estrutura que se erixe ex novo pois, no período medieval, as hospederías estaban fóra dos muros do mosteiro e os cenobios só contaban co templo e o Claustro Regular.

Será na Idade Moderna cando as novas dependencias, destinadas tanto a hóspedes como a avituallamiento da comunidade, incorpórense ao novo mosteiro que se comunicará co exterior a través da Portería. Neste último espazo, Portería, destaca a súa bóveda de casetones, interesante obra que, polas súas similitudes con Montederramo, parece ser executada polo mesmo equipo que o mosteiro veciño. Pecha o mosteiro a porta de entrada onde destaca, sobre o muro norte, o escudo da Congregación de Castela que preside a entrada ao mosteiro.

A comezos de marzo do ano 1800, talvez como consecuencia do terremoto de Lisboa, caen a fachada e o campanario medievais. Entre 1801-1802 levantarase a nova fachada e aínda que lle hastial responde os canons clasicistas do Neoclásico, a torre das campás inspirarase nos pasados modelos barrocos.